Kościół rektoralny p.w. Trójcy Przenajświętszej, dawny Św. Ducha, pochodzi z połowy XV w. Świadczy o tym historia Rzeszowa, w której jest mowa o jego istnieniu w 1469 r. W czasie najazdu Rakoczego w 1657 r. kościół spłonął; szybko jednak został odbudowany przez proboszcza szpitalnego i prepozyta rzeszowskiego. W 1661 r. został konsekrowany przy jednoczesnej zmianie tytułu na Trójcę Przenajświętszą. Z powodu niebezpieczeństwa grożącego kościołowi od wylewów Wisłoka, jeszcze raz został przebudowany około 1720 r.
Obecna forma architektoniczna ukształtowana została ostatecznie w I połowie XIX w., kiedy to dokonano znacznej przebudowy obiektu nadając mu klasycystyczny kształt. Zaborca austriacki przejął kościół tworząc wokół niego cmentarz miejski, obecnie najstarszy w Rzeszowie. Kościół Św. Trójcy stał się kaplicą cmentarną aż do lat sześćdziesiątych XX w.
Stąd wyruszały kondukty pogrzebowe na nowy cmentarz pobitniański. Kościół był zawsze związany ze szpitalem, który powstał w 1832 r. i miał charakter przytułku, domu starców. Od 1855 r. nazywał się zakładem leczniczym, a następnie po podniesieniu go do rzędu tzw. szpitali powszechnych, otrzymał nazwę "Publiczny Dom Zdrowia". Otwarcie nowego szpitala przy ul. Spytka Ligęzy nastąpiło 15.10.1887 r. Kościół-kaplica cmentarna został zamknięty w latach sześćdziesiątych XX w. stając się magazynem dla potrzeb Wojewódzkiego Konserwatora Zabytków. W 1977 r. proboszcz parafii farnej - ks. prałat Jan Stączek rozpoczął starania celem otwarcia kaplicy i przeznaczenia jej do wykonywania kultu religijnego. Starania te zostały wieńczone sukcesem, gdyż w 1980 r. Urząd Miasta przekazał parafii Farnej klucz do kościółka. W czerwcu 1981 r. bp Ignacy Tokarczuk, Biskup Przemyski utworzył przy kościele Świętej Trójcy rektorat i kapelanię Szpitala Wojewódzkiego, powierzając tę funkcje ks. Feliksowi Flejszarowi. Po kilkuletnim remoncie, poświęcenia kościoła dokonał bp Edward Białogłowski, 05.07.1992 r.
