W 1710 r. obywatel miasta Rzeszowa Andrzej Passakowicz funduje kościół, oraz Klasztor 00. Reformatów i w tym samym roku rozpoczyna się budowa kościoła, a następnie klasztoru w 1722 r. Uroczystość poświęcenia wzniesionego kościoła i klasztoru pod wezwaniem N.M.P. odbyła się 21.09.1722 r. Zaborca austriacki w 1787 r. zamienił klasztor na szpital wojskowy, a kościół na magazyn. W czasie I wojny światowej klasztor i kościół zostały w znacznym stopniu zniszczone.
Po zakończeniu wojny i odzyskaniu niepodległości w latach 1922 - 1927 ks. płk Franciszek Kisiel odbudował kościół jako Kościół Garnizonowy. W czasie II wojny światowej okupant niemiecki zamienił kościół na magazyn. Doznał wtedy dużych zniszczeń. Po wyzwoleniu, dzięki mozolnej pracy kolejnych kapelanów i licznym ofiarom społeczeństwa oraz poparciu władz, świątynia dochodzi do obecnego wyglądu. Nowa polichromia została namalowana w latach 1959 - 1960. W 1960 r. bp Franciszek Barda, Ordynariusz Diecezji Przemyskiej, dokonał uroczystego poświęcenia odbudowanego Kościoła. Dnia 14.08.1969 r. bp Ignacy Tokarczuk, Biskup Przemyski, za zgodą władz państwowych i wojskowych ustanowił przy tym kościele Parafię Wojskowo-Cywilną pod wezwaniem Matki Bożej Królowej Polski.
